Kommt mir bekannt vor.
Hängt zufällig ein SAMBA-Verzeichnisdienst dahinter?
Spaß beiseite - wird bei der Verteilung der Pakete auf NTFS-Berechtigungen geprüft?
(Use NTFS-Right in den Depoteigenschaften und evtl. der Haken "Auf Rechte prüfen" am Register?)
Es ist durchaus eine gute Idee eine eigene EmpirumAgent.bat im OS-Template zu hinterlegen und darin das Paket zum DomainJoin aufzurufen. Alternativ die EmpirumAgent.bat ändern, aber beim Update nicht vergessen die Änderungen zu übertragen.