Vielen Dank für die schnelle Rückmeldung.
Hab grad auch noch mal mit der Sicherung des Desktops rumgetestet:
a) Dieser Abschnitt ist ebenso mit SubDir + Directory geflagt.
b) Bei Änderungen direkt auf dem Desktop (höchste Ebene) wird die Sicherung durchgeführt.
c) Bei Änderungen in Unterordner des Desktops wird keine Sicherung durchgeführt.
Dies alles tritt beim inkrementellen Backup auf.
So werden diese Probleme wohl daher kommen, dass alle Abschnitte, die den Flag SubDir beinhalten, zwar beim Vollbackup gesichert werden, aber beim inkrementellen Backup Änderungen in "subdirs" des Sicherungsordners, wie z.B. Desktop\Musterordner, nicht erkannt und deshalb keine erneute Sicherung durchgeführt wird.
Sind solche Probleme mit speziellen Versionen von Personal Backup bekannt?
Das Verschieben des Sicherungsordners auf %Appdata%\Mozilla\Firefox verlagert imho das Problem nur eine Ebene tiefer.

Mit freundlichen Grüßen
Andrè Döking
Ärztekammer Westfalen-Lippe